600文字制限にひっかかりましたので、すいませんが2回に分けて投稿させていただきます。

AK4137 P2D基板(Rev1.1、マイコンRev1.1付 き) LCD20桁✕4行タイプを組み立て、音が出る所まで来ました。操作方法としてロータリーエンコーダー（秋月さんのP-05773）を試したく組み立ててみました。
そこで4点ご教示ください。
（１）結線図の間違い
ロータリーエンコーダーの結線図ですが、
AK4137 P2D基板(Rev1.1)の制作マニュアル Rev.1.1の図は正しいと思うのですが、
AK4137 P2D基板(Rev2.0)の制作マニュアル Rev.1.4の図は間違いではないでしょうか。
コンデンサの位置がおかしいと思います。
（２）操作の違和感
　CW回転すると、設定項目が上に移動（例えば.出力周波数が減る方向）
　CCW回転すると、設定項目が下に移動（例えば.出力周波数が増える方向）
　となり、感覚上の違和感からエンコーダーか基板側かどちらかの「A」「B」を入れ替えるのが良いと思うのですがどうでしょうか。
（基板側の「1」「2」という説明はそれぞれ「A」「B」と読み替えています）
以下その２へ続きます。

5V対応LCDは手持ちになかったので、確認することができません。
確認できて上手くいったとしても、新たに5V電源の用意と5VLCDが必要となって
しまうので、及び腰になっています。（うまくいかなければ無駄になるし）
次の作業がありますし、正直気力が萎えてきましたのでエンコーダー操作は
あきらめることにいたします。

ありがとうございました。

やはり3.3V電源だと誤動作するのかもですね。
可能でしたら、LCDを5V用に替えて、PWR1に+5Vを入れて試してみてください。
マイコン周りのICは5Vでも動作します。

やなさんが使っている「P-00292」で試してみたところ、問題なく動作してしまいした。

原因を別にすれば、手っ取り早く「P-00292」に変えればいいじゃないかということに
なりますが、変えたくありません。
「P-00292」の欠点はクリック感の無さです。グスッという感じで手ごたえが非常に薄く、
実際にパネルに固定するとさらに壊れたかなと思うほど手ごたえが無くなり、指先に
神経を使い少ない手ごたえを感じ取るような操作はするたびにストレスがたまります。
私の使用した「P-05773」はカチンというしっかりした手ごたえがあり、こういう用途には
最適で、メーカー製品の同用途のエンコーダーもこういう感触です。そのため、最初から
「P-00292」は除外して考えていました。

「P-05773」を使える方法がわからない限り、ロータリーエンコーダー操作はあきらめる
しかないようです。

原因が判りませんが、私が使っているのは「P-00292」です。
これもDC5V定格かも知れませんが、3.3Vではうまく動かないものもあるのかもです。

ロータリーエンコンダーの入力回路について、
基板側の入力はプルアップされていますが、この入力回路はプルダウン前提の回路になっています。
そのため、基板側の入力として、LOWレベルが0Vまで下がらない（0.7V）ため、LPFで残った
チャタリングやバウンスがその分レベルアップし、影響を与えやすいのではないでしょうか。
そのため、プルアップ抵抗、LOW確定電圧、エンコーダー、LPFなどのバラツキなどによりうまく
行ったりいかなかったりする微妙なところにいるのではないでしょうか。

約１秒ごとに１クリックしても同じ症状でした。

使ったエンコーダーから出る信号がＣＷ回転方向では問題なく、ＣＣＷ方向では
問題あるかと思い、基板側のＡとＢを入れ替えてみました。
今度はＣＣＷ回転方向では問題なく、ＣＷ回転方向で飛びも発生するように
なりました。例えば44.1kHz→88.2kHzと間の48kHzをスキップするのです。
結果、確かなことは、周波数を減らしていく方向では問題なく切り替わり、
周波数を増やしていく方向ではうまく切り替わっていかないということでしょうか。

> どこが悪いとこういう現象が起きるのでしょうかね。

CW回転とCCW回転の判断が微妙な為ですが、１クロックづつ時間を置いてみたらどうなりますか？

回答ありがとうございます。
（４）について、個体差かなと思い、別のエンコーダー（秋月さんのP-05773）
に付け替えてみましたが、症状は同じでした。
確かに、進むと戻るの信号として認識しているような現象ですね。
どこが悪いとこういう現象が起きるのでしょうかね。

> （１）結線図の間違い

コンデンサの位置が間違っていますね。修正しておきます。

>（２）操作の違和感

AとBを逆にしても問題はないと思います。

> （３）LEFTキー、RIGHTキー相当動作はできない

記述ミスです。メニュー移動は操作出来ません。

> （４）設定項目の切替動作がイマイチ

私の環境では再現出来ませんでした。
進むと戻るの信号として認識しているような現象ですね。

返信で続きを投稿できましたので、その２のスレッドはありません。
すみませんでした。