入力電圧を調べるとGND2とTS3間が1.48Vでした。
ハンダづけ不良でしょうか。

Si5340が熱くなっていなければ、
Si5340の裏面のはんだ付けミスだと思います。
基板を裏返して、Si5340が剥がれ落ちないように、耐熱性のもので押さえて、
裏面の穴にハンダゴテの小手先を入れてハンダを溶かして、底に５秒ほど当ててから少しかき混ぜてください。
※あまり長時間当てると基板のパターンが痛むので、注意してください。

熱くなる場合は、Si5340のピンか10MHzクロックのはんだ付けミスです。

電源回りの再ハンダで、GND2とTS3間の1.8vになりましたが
I2C　ERROR D5−W　２と表示されたままです。
LOL/LOSも点灯せずD5を入念に再ハンダしているのですが改善されません。

他にも怪しい箇所あればアドバイスください。

kittenさん、こんXXは。

< 入力電圧を調べるとGND2とTS3間が1.48Vでした。

IC14のLT3045か、R47が18KΩになっているかを確認ください。
IC5のSi5340のはんだ付けも確認ください。